기업부설연구소 설립 요건 및 운영 관리
[ 기업부설연구소 설립요건 ]
1) 연구전담요원 확보
* 연구전담요원은 기업 규모에 따라 3명~10명 이상 확보되어야 한다.
* 연구개발전담부서의 경우에는 연구전담요원 1명으로도 설립이 가능하다
* 연구전담요원으로 인정받기 위해서는 자연계분야 학사 이상의 학위 또는 기술. 기능분야 기사 이상의 자격증이 있어야 한다
* 단, 중소기업에 한해 자연계분야 전문학사로 2년 이상의 연구경력이 있거나, 기술. 기능분야 산업기사로 2년 이상 연구 경력이 있거나, 마이스터고나 특성화고 졸업자로 4년 이상 연구 경력이 있으면 인정된다.
2) 독립된 연구공간 확보
* 사방이 벽면으로 막히고 별도의 출입문을 갖춘 독립된 연구공간을 확보해야 한다.
* 공간의 면적은 객관적으로 보았을 때 연구기자재 구비가 가능하고, 연구원이 연구개발을 수행할 수 있는데 적절한 크기여야 한다.
* 다만 과학시술분야 또는 서비스분야 연구소 및 전담부서에 한하여 면적이 50제곰미터 이하의 공간을 다른 부서와 파티션 등으로 구분하여 운영하고 있으면 연구공간으로 인정해주고 있다.
* 무허가건물 또는 가건물, 주거용건물은 허용되지 않으며, 둘 이상의 기업이 한 개의 연구소를 공동으로 설립하여 운영하는 것도 인정되지 않는다.
[ 연구소 설립 취소 사유 ]
* 장기간 변경신고를 하지 않거나 연구개발활동이 없는 경우, 사전. 사후요건을 충족하지 않은 경우, 허위 또는 부정한 방법으로 설립신고를 하거나 변경신고를 한 경우 등이다.
* 연구소를 설립하였으면 매년 연구개발활동 내용을 조사하여 협회에 제출해야 한다.
* 또한 기업체 정보나 연구소 정보에 변경사항이 발생했다면 변경사항이 발생한 날로부터 30일 이내 협회에 신고해야 한다
* 만약, 연구개발활동 내용이 없거나, 변경신고를 하지 않는 경우 협회에서 직접 현장을 방문한 후 연구소 인정을 취소할 수도 있다.
* 설립이 취소되면 그동안 혜택받은 세금이 추징될 수 있고, 추가로 가산세 등이 발생할 수 있다.
* 이러한 이유로 기업부설연구소 혜택을 유지하기 위해서는 설립 이후에도 철저한 운영 및 관리가 필요하다.
[ 연구인력개발비 세액공제 ]
* 연구개발활동을 위해 지출한 비용에 대해 법인세 또는 소득세에서 공제해 주는 제도이다.
* 과학적 진전, 새로운 서비스의 개발, 임직원의 교육 등을 위해 연구소를 운영하거나 타 기관과 공동연구하면서 인건비, 재료비 등을 지출한 경우 세액공제하는 것을 말한다.
* 당해 과세연도의 법인세(소득세)에서 공제 대상 금액을 차감하는 조세지원 제도로 여기서 공제 대상금액이란 '세액공제를 적용받는 비용에 기업규모. 업종. 기술종류별로 세법에서 정한 일정 비율을 곱한 금액'을 말한다.
* 세액공제율은 기업규모와 대상기술 등에 따라 다르고, 중소기업의 경우 당해연도 발생액의 25% 혹은 전년 대비 증가분의 50%를 선택해서 공제받을 수 있다.
* 만약, 신성장 및 원천기술 관련 비용일 경우에는 최대 40% 까지 세액공제를 적용받을 수 있다.
* 진행 과제가 신성장.원천기술 범위에 포함되는지는 조세특례제한법 시행령에 포함된 [별표 7] 문서에 정의되어 있다.
* 2021년도 법인세신고(2020년도분)에 대해서는 연구인력개발비 세액공제를 받는 기업의 연구개발활동 검증자료의 작성/보관/제출 의무를 아래와 같이 강화하였다.
1) 연구과제총괄표 작성 및 보관 의무 신설
2) 연구개발계획서 및 연구개발보고서를 작성하여 보관 의무
* 신성장동력이란 자본이나 자원과 같은 물질적 요소가 아닌 지식과 문화와 같은 정신적인 요소의 성장동력이 필요하다는 뜻이다.
* 원천기술이란 근원이 되는 기술을 말하는 것이다.
* 만약 신성장. 원천기술 과제에 대해서 세액공제율 해택을 받으려면 각각의 비용을 회계상에서 구분해서 관리해야 한다.
[ 연구인력개발비 세액공제 사전심사 제도 ]
* 연구. 인력개발비 세액공제를 신청하기 전에 지출한 비용이 연구. 인력개발비에 해당하는지 여부 등에 대해 국세청장에게 미리 심사하여 줄 것을 요청하는 제도이다.
* 신청방법은 연구.인력개발비 세액공제 사전심사를 받고자 하는 내국법인과 거주자는 법인세(소득세) 과세표준 신고기한 전까지 홈택스, 우편, 방문접수를 통해 신청 가능하다.
- 홈택스 : 신청/제출 -> 일반 세무서류 신청 -> 민원명 찾기 -> "연구"입력 -> 조회하기 -> 인터넷 신청
- 우편 : 관할 지방국세청 법인세과, 전국 세무서
* 신청기한 : 법인세(소득세) 과세표준 신고 전. 단, 세액공제신청누락분은 경정청구, 수정신고, 기한 후 신고 전에 신청 가능하다.
* 신청인이 사전심사 결과에 따라 법인세(소득세)를 신고한 경우 해택을 아래와 같다.
- 사전심사 신청 내용에 대해 신고내용을 확인 및 감면사후관리 대상에서 제외된다.
- 이후 심사 결과와 다르게 과세처분되더라도 과소신고가산세가 면제된다.
* 단, 심사과정에서 부정확한 서류를 제출하거나 사실관계의 변경. 누락 및 탈루혐의가 있는 경우는 제외된다.
* 제출서류는?
1) 연구. 인력개발비 사전삼사 신청서
2) 연구개발비 명세서
3) 연구개발보고서
- 연구과제 총괄표
- 연구개발계획서
- 연구개발보고서
- 연구노트(신성장‧원천기술에 해당하는 연구과 제 만 작성)
- 기타 연구개발 관련 근거서류 등
[ 연구과제총괄표 ]
* 어떤 과제를 수행했는지 과제의 제목을 적는 서식이다.
* 연구인력개발비 세액공제를 받기 위하여 반드시 제출하여야 하는 서류이다.
* 일반연구 및 인력개발비 명세서[별지 제3호 서식(1)]을 제출해야 하는 경우 반드시 이 서식을 작성해야 한다.
* 지정된 양식에 작성한다. '별지 제3호 서식 부표(2)' - 2020.03.13 개정됨

연구과제 총괄표 양식
* '②연구과제명'에는 기업에서 관리하는 연구과제별 명칭을 적는다.
* '③신성장,원천기술'에는 신성장, 원천기술연구개발비에 해당하는 경우 해당 기술명을 적는다.
* 연구과제별로 연구개발계획서 및 연구개발보고서를 작성하여야 한다.
* 만약 신성장, 원천기술 대상일 경우 연구개발계획서 및 연구개발보고서 이외에 연구노트를 작성하여야 한다.
[ 연구개발계획서 ]
* 연구개발보고서에 대한 근거자료로 첨부하는 문서이다.
* 필수 사항은 아니고 연구노트, 연구계획서, 연구 보고서 등 활동 관련 증명하는 서류 중 1개 이상만 제출하면 된다.
* 작성 요령
[ 연구개발보고서 ]
* 연구개발보고서에 대한 근거자료로 첨부하는 문서이다.
* 필수 사항은 아니고 연구노트, 연구계획서, 연구 보고서 등 활동 관련 증명하는 서류 중 1개 이상만 제출하면 된다.
* 지정된 양식에 맞게 작성하면 된다.
* 순수 연구이고 대외활동이나 매출 등 근거자료가 없는 경우에는 연구노트를 작성하여 증명한다.
* 솔루션을 보유한 경우 해당 설루션의 기능개선 내역등을 근거자료로 제출하면 된다. 제안서에 포함된 내용 등
* 연구개발보고서의 첨부파일은 해당 연구내용에 대한 근거자료에 해당된다.
- 전담부서의 조직·직원 현황 및 연구요원의 자격을 증명하는 서류
- 연구노트, 연구계획서, 연구 보고서 등 활동 관련 증명하는 서류
- 지식재산권 출원·등록 활동이 있는 경우 관련 증명 서류
- 기타 연구 관련 증빙자료

연구개발보고서 양식(내용은 자율)
[ 연구노트 ]
* 연구개발보고서에 대한 근거자료로 첨부하는 문서이다.
* 필수 사항은 아니고 신성장동력 및 원천기술분의 연구과제인 경우에만 작성해야 한다.
* 연구노트를 작성해야 하는 이유는 신성장동력 및 원천기술 관련 연구과제의 경우 세액공제율 일반과제에 비해서 높기 때문이다. (일반:25%, 신성장동력 또는 원천기술분야:40%)
* 연구과제총괄표에 기재한 연구테마별로 5년간 연구노트작성 및 보관 필요
* 연구노트 안내 : https://www.e-note.or.kr/introduction/noteIntro.do
* 연구노트 온라인 교육 : https://www.e-note.or.kr/education/online/movieList.do
* 연구노트 제작템플릿(체크리스트) : https://www.e-note.or.kr/education/online/movieList.do
[ 기업부설연구소 구비서류 ]
* 기업부설연구소 현판
* 사업등록증 사본
* 공장등록증
* 연구원 이력서 및 졸업증명서
* 중소기업기준검토표
* 일반과세자 부가가치세 확정신고서
* 4대보험가입자명부
* 경력증명서
* 인사발령장
* 업무조직도
* 연구관련시설명세서
* 전체레이아웃
[ 세액공제 사전심사 신청 시 현장 실사 확인 서류 ]
* 기업유형확인서
- 벤처기업확인서 / 중. 소기업확인서 / 중견기업확인서 중 1
- 매년 갱신됨으로 결산 끝나고 4월 이후에 갱신등록 필요
* 회사, 연구소 조직도
- 회사위치, 최종인원, 연구소 조직도 및 자리 배치표
* 연구전담요원 졸업/경력증명서
- 인원이 바뀔 때 전산신고 시 매번 필요한 서류임
- 신고서, 증명서, 인사발령서류, 완료확인서
* 4대 보험 사업장 가입자 명부
- 4대 보험정보연계센터에서 발급
* 연구원 인사발령 서류
- 변경신고 시 필요함
* 연구개발 활동 수행 증빙자료
-연구 중인 사항의 기획서 또는 신규사업에 관련된 내용들
- 직원별 연구개발 노트